ยาฆ่าแมลงจุลินทรีย์แบคทีเรีย
ยาฆ่าแมลงจุลินทรีย์จากแบคทีเรียส่วนใหญ่ ได้แก่ Bacillus thuringiensis และ Bacillus spheroidosa แบคทีเรียเหล่านี้ผลิตสารพิษฆ่าแมลงซึ่งมีผลร้ายแรงต่อศัตรูพืชบางชนิด ตัวอย่างเช่น สามารถใช้ Bacillus thuringiensis เพื่อควบคุมตัวอ่อนของศัตรูพืชจำพวกผีเสื้อ เช่น หนอนเจาะข้าวโพดและมอดเพชร
ยาฆ่าแมลงจุลินทรีย์จากเชื้อรา
สารกำจัดศัตรูพืชจากเชื้อราส่วนใหญ่ ได้แก่ Beauveria bassiana และ Metarhizium anisopliae เชื้อราเหล่านี้บุกรุกและแพร่พันธุ์ภายในร่างกายของแมลง ส่งผลให้แมลงศัตรูพืชตาย บิวเวเรีย บาสเซียนาเป็นยาฆ่าแมลงจากเชื้อราที่ใช้กันอย่างแพร่หลาย ซึ่งใช้ในการควบคุมศัตรูพืชหลายชนิด เช่น หนอนผีเสื้อและหนอนเจาะข้าวโพด
ยาฆ่าแมลงจากไวรัสจุลินทรีย์
ยาฆ่าแมลงจากจุลินทรีย์จากไวรัสส่วนใหญ่เป็นนิวคลีโอโพลีฮีโดรไวรัส ไวรัสเหล่านี้มีความเฉพาะเจาะจงสูง แพร่เชื้อได้เฉพาะศัตรูพืชบางชนิด และปลอดภัยสำหรับมนุษย์ ปศุสัตว์ และศัตรูธรรมชาติ หลังจากฉีดพ่น ไวรัสจะขยายพันธุ์อย่างกว้างขวางภายในร่างกายของศัตรูพืช และทำให้เสียชีวิตได้ Nucleopolyhedroviruses ถูกนำมาใช้กันอย่างแพร่หลายในการควบคุมศัตรูพืช เช่น หนอนเจาะสมอฝ้ายและหนอนกระทู้ผักชนิดหนึ่ง
